Köprüye ilk saldırıyı 1992'de Bosnalı Sırplar düzenledi. Kasım 1993'te Hırvat tankları köprüye daha büyük bir zarar veren saldırılarını başlattı. Köprünün yıkımı, Mostar'ın çok uluslu mirasının reddedilmesinin simgesi olarak görüldü..
Tarihi taş köprünün yerini derme çatma bir ahşap köprü aldı.
yıkılan eski Köprünün yeniden inşaatı için çalışmalar 1997'de başladı. Macar ordusundan dalgıçlar orijinal taşları nehir yatağından bulup vinçlerle çıkardı. Köprünün inşaatını Türk şirketi ER-BU yaptı.
Yeni köprü hizmete 2004'te açıldı. Mostar bugün çok uluslu bir yönetim tarafından yönetiliyor; ancak savaş döneminde başlayan bölünmeler hala devam ediyor: Hırvatlar nehrin batısında, Müslümanlar doğusunda yaşıyor. Sırplarsa kente geri dönmedi..
ayrıca, Kentin erkekleri, nişanlılarına cesaretlerini kanıtlamak için düğün öncesinde mostar köprüsünden Neretva nehrine atlarmış, yıkım yaşanmadan önce..
