Afyonkarahisarspor, 2005 yılında daha önce 3. ligde oynayan ve aynı yıl 3. lige dönen Afyon Şekerspor ve zamanında 2. ligde oynamış olan ve Amatör ligde oynayan Afyonspor 'un birleşmesiyle kurulmştur. Mor beyazlı renklere sahip olan Afyon'da konuşlanan kulüp, TFF 2. Lig mücadele eden bir futbol takımına sahiptir. Bölgesel ligde oynamış bir basketbol takımı 2006'da ligden mali sıkıntılar yüzünden çekilmiştir.
Dr. Mahmut Koçak başkanlığında (2006) faaliyetlerini sürdüren kulübün tesisleri 4 Mayıs 2006 tarihinde hizmete girmiştir.Mahmut Koçak 2007 yılında kulübün başkanlığını bırakmıştır. Aynı yıl başkanlığa Sedat Hastürk seçilmiştir. Maçlarını 7.000 kişilik Afyonkarahisar Atatürk Stadyumunda oynamaktadırlar. Renkleri mor, beyaz ve yeşildir. Yeşil beyaz olan Şekersporun renklerine izafeten üçüncü renk olarak yeşil seçilmiştir. Mor ve Beyaz renkler haşhaş çiçeğinin renkleridir. Mor beyaz renklere Türkiyedeki profesyonel liglerde sadece Orduspor, Hacettepe Spor Kulübü ve Afyonkarahisarspor sahiptir.
Afyonkarahisarspor'un ezeli ve ebedi rakibi Ispartaspor'dur.
