Profesyonel futbol kariyerine başladığı kulüp olan Sakaryaspor'da 3 sezon forma giymiştir.
Ardından Bursaspor'a transfer olmuştur.
A Milli Takım'a ilk defa bu kulüp çatısı altında seçilen Hakan Şükür 1992'de Galatasaray'a transfer olmuştur.
1995'te kısa bir süre formasını giydiği italya Seri A (Lega Calcio) takımlarından Torino'ya transfer olmuş ve tekrar Türkiye'ye dönmüştür.
8 yıl Galatasaray takımı için forma giymiş ve ardından,
2000 yılından itibaren yine Seri A'da birer yıl, önce Internazionale sonra Parma takımları için mücadele etmiştir.
Yurt dışı deneyiminde son olarak kısa bir süre için Blackburn Rovers formasını giymiş,
Jübilesini Galatasaray forması altında yapmıştır.
Türkiye Ligi tarihinde 249 golle en çok gol atan futbolcu olan Hakan Şükür, lig tarihindeki ilk golünü 1988-1989 sezonunda Eskişehirspor'a, 100. golünü 1996-1997 sezonunda Altay'a, 200. golünü 2003-2004 sezonunda Samsunspor'a, son golünü ise 2007-2008 sezonunda Hacettepe (Gençlerbirliği Oftaşspor)'a atmıştır. 3 kez gol kralı olan Hakan Şükür, 3 kez de asist kralı olmuştur. Türkiye Ligi tarihinde 8 şampiyonluk yaşayan Hakan Şükür, Bülent Korkmaz ve Suat Kaya ile birlikte en fazla şampiyonluk yaşayan futbolcu olmuştur. Hakan Şükür profesyonel kariyerinde sadece bir kez kırmızı kart görmüştür. Ona bu kartı 26 Mart 2004 tarihindeki Samsunspor maçında Bülent Uzun göstermiştir.
