Futbola 1957'de istanbulspor genç takımında başladı. istanbulspor'da göze çarptı ve 1965'te Fenerbahçe'ye transfer edildi. Stoper ve libero olarak takımda görev aldı. Hava toplarına hakimiyeti, sağlamlığı, sezgileri ve temiz oyunu ile ünlendi. Fenerbahçe ile 2 Türkiye Kupası, 3 lig şampiyonluğu kazandı.
Fenerbahçe ve milli takımda kaptanlık yapan Aktuna, 27'si Fenerbahçe forması altında olmak üzere defalarca milli formayı da giydi. 1974'te Didi'nin tavsiyesiyle futbolu bıraktı. Fenerbahçe'de menacerlik ve yönetim kurulu üyeliği görevlerinde bulunan Ercan Aktuna, ingiltere'de antrenörlük kurslarına katılarak sertifika da almıştır.
