1895 yılında Türkiye'de haritalar yapmak üzere Erkân-ı Harbiye'nin (Genel Kurmay Başkanlığı) 5'inci Şubesine bağlı Harita Komisyonu kurulmuştur. Bu komisyon Birinci Dünya Savaşı'nda (1914) Başkomutanlık Karargâhına bağlı "Karargâh Umumi 14'üncü Harita Şubesi Müdürlüğü" ne dönüştürülmüş, daha sonra 1918 yılında Harbiye Nezareti'ne (MSB) bağlı Harita Dairesi haline getirilmiştir.
Harita Genel Komutanlığı, TC Millî Savunma Bakanlığına bağlıdır. Kendi kuruluş kanunu gereği, ülkemizin savunma ve kalkınma amaçlı tüm haritacılık ihtiyaçlarına başarıyla cevap veren köklü bir kuruluştur.
Cumhuriyetin ilanından sonra ülkenin savunma kalkınma amaçlı gereksinimleri gözönünde tutularak Harita Komiyonu 2 Mayıs 1925 (1341) yılında 657 sayılı kanunla Harita Genel Müdürlüğü adıyla yeniden teşkilatlandırılmış ve bu komisyonda büyük hizmetleri bulunan Korgeneral Mehmet Şevki Paşa ilk Harita Genel Müdürü olarak görev almıştır. Harita Genel Müdürlüğünün adı 22 Eylül 1983 tarihli ve 2895 sayılı kanunla Harita Genel Komutanlığı olarak değiştirilmiştir. Harita Genel Komutanlığının, Komutanlık Karargâhı Cebeci/ANKARA'dadır.
Merkez Kışlasında, Komutanlık Karargâhı ile birlikte Teknik Daireler, Harita Yüksek Teknik Okulu ve Haritacılık Müzesi bulunmaktadır. Ayrıca havadan fotoğraf alımı görevini yürüten Hava Grup Komutanlığı Güvercinlik/ANKARA, Destek Tabur Komutanlığı Lodumlu/ANKARA da konuşlandırılmıştır. MSB Özel Eğitim Merkezi, Erdek/BALIKESiR de olup, işletim görevi Harita Genel Komutanlığı tarafından yapılmaktadır.
