Bilim adamlarının büyük şüpheleri var bu konuda, Bununla beslenen büyükbaş hayvanlar da olumsuz etkilenecekler. Onun sütüyle, etiyle veya yumurtasıyla beslenen insan ne olacak peki? Bunlar araştırılmış şeyler değil bu değişimin içinde... genleriyle oynanmış transgen bir tohumu veya gen ilave edilen bir tohumu toprağa ekildiği zaman topraktaki mikroorganizmaları, bakteri popülasyonunu bozmakta yani ekolojik dengenin bozulmasına neden olmakta. doğanın dengesini bozan bir etmen olmakla birlikte;
-biyogüvenlik sorunudur,
-insan sağlığı sorunudur,
-hayvan sağlığı sorunudur,
-çevre sağlığı sorunudur,
-Tekelleşme ve sosyo-ekonomik bir sorundur çünkü, üretilen bitki tohumları patentlenmektedir.
-demokrasi sorunudur,
