X ışınlarının bulmasından dolayı kıskanç diğer bilimadamları tarafından çeşitli saldırılara uğramasının yanı sıra kendisine sayısız ödül verildi. 1901 yılında tamamladığı bu araştırmaları sonucu aynı yılın fizik dalında Nobel Bilim ödüllüne layık görüldü. Ödülün tüm gelirini Würzburg Üniversitesi'ne bağışladı. Tüm insanlığın özgürce kullanabilmesi için x ışını olayının patent altına alınmasını reddetti.
