babası zlatko kranjcar'ın efsanesi olduğu dinamo zagreb'de kaptanlık yaparken 2004-2005 sezonunun devre arasında dinamo'nun kanlı bıçaklı rakibi olan hajduk split'e transfer olması ülke çapında bayağı bir yaygara koparmıştı. kendisini split'te binlerce hajduk'lu karşılamıştır. kendisinin igor stimac'la anlaşarak hajduk'a gitmesinde kilit rol oynayan menajeri dino pokrovaç 2005'in mayıs ayında evinde vurularak öldürülmüştür, daha sonra yaptığı diğer işlerdeki anlaşmazlıklardan dolayı mafyanın öldürdüğü iddia edilmiştir. hatta bu olaydan sonra kranjcar'ın diğer menajeri efsanevi hırvat davor suker de canının derdine düşmüştür. bunların üstüne hajduk'da pek varlık gösteremeyen niko buradan ingiltere'ye adeta sürgüne gitmişti. euro 2008'deki parlak futbolundan sonra as monaco onu almak için çok uğraştıysa da portsmouth'da kalmıştır.
