Günümüzde kütüphanenin varlığı ile ilgili farklı tartışmalar olduğu gibi nasıl yok olduğu da büyük bir muamma. Ancak tarihçilerin önemli bir bölümü Roma imparatoru Sezar'ın kütüphaneyi istemeden yaktığını düşünüyor. Mısır'da tahtını korumaya çalışan Kleopatra'ya yardıma gelen dönemin ihtişamlı imparatoru Sezar, iskenderiye'ye vardığında limanda büyük bir direnişle karşılaşıyor. Sezar da direnişi kırmak için düşmanlarının gemilerini ateşe veriyor. Ateş hızla denizin yanıbaşında yükselen şehre sıçrıyor ve şehrin büyük bir bölümüyle birlikte kütüphane de yanıyor.
En ilginç iddia islam düşmanlığıyla bilinen Papaz Gregory Bar Hebraus'un, kütüphanenin Hz. Ömer'in emriyle yakıldığı iddiasıdır. Amr bin As komutasındaki islam ordusunun 639 yılından itibaren Mısır'ı fethetmesiyle birlikte iskenderiye de Müslümanların eline geçiyor. Ancak Mısır'ın Müslümanların eline geçmesinden tam üç yüz yıl sonra kütüphanenin Müslümanlar tarafından yakıldığını iddia eden Hebraus, bu iddiasını da Hz. Ömer'e atfen şu şekilde destekliyor: Amr bin As, iskenderiye'yi alınca Halife Ömer'e mektup göndererek kütüphanenin akıbetini soruyor. Ömer de cevabında ''Eğer bu Grek yazmaları Allah'ın kitabı ile uyumlu ise karışmayın, yok eğer Allah'ın kitabına ters iseler yakın.'' demiş ve kitapların yüzü dahi açılmadan hepsi altı ayda yakılmış.
--spoiler--
