ord. prof. unvanına sahiptir.
10 Aralık 1890 tarihinde Rusya da Başkurt ilinde isterlitamak a bağlı Küzen köyünde doğdu.
1920 li yıllarda Bolşevik rejimine karşı Türkçü saflarda mücadele etmiş ancak başarılı olamamıştır.
Rus Millet Meclisi Duma da Ufa Müslümanlarının temsilciliğini yaptı. Bolşevik ihtilâli patlak verince o da Türklerin durumunun düzelmesi için mücadeleye girişti.
Bolşevik ihtilâli nden 22 gün sonra 29 Kasım 1917 de Başkurt ilinin muhtariyeti ilan edildi. Örenburg u 18 Şubat 1918 de işgal eden Sovyetler onu tutukladılarsa da 7 Haziran da hapisten kaçtı. Başkurt hükümeti kurulduğunda Togan, Harbiye Nazırı oldu. Bundan sonra Lenin, Stalin ve Troçki ile defalarca görüşütü fakat olumlu sonuç alamayınca Türkistan a çekilip orada mücadeleye karar verdi.
Paris, Londra ve Berlin deki bir çok Orta Asya tarihçisi onunla çalışmak istemesine rağmen, devrin Türkiye Milli Eğitim Bakanı Hamdullah Suphi, Fuat Köprülü, Rıza Nur, Yusuf Akçura nın istekleri sayesinde Türkiye den davet aldı.
20 Mayıs 1925 te geldiği Türkiye de Maarif Vekâleti Telif ve Tercüme Encümeni ne tayin edilmiştir. O zamanki Ankara nın kitap açısından yetersiz olması yüzünden kendi isteği ile istanbul Darülfünun u Türk Tarihi Müderris Muavinliği ne tayin edildi.
Bundan sonra istanbul ve Anadolu kütüphanelerinde hummalı çalışmalarına başladı. Fakat, 1932 de I. Türk Tarih Kongresi nde tıp doktoru Reşit Galip in sunduğu Orta Asya da iç deniz olduğu ve bunun sonradan kuruduğu konusu hakkındaki tebliğini eleştirince, Togan aleyhine bir kamuoyu oluştu. Kendisine takınılan bu kötü tutum üzerine ülkeyi terk etme kararını verdi. 8 Temmuz 1932 de istifa ederek Viyana ya gitti.
1935 te doktora çalışmalarını bitirdikten sonra Bonn Üniversitesi nde, 1938 de Göttingen Üniversitesi nde ders verdi. 1939 da Millî Eğitim Bakanı nın daveti üzerine tekrar Türkiye ye geldi. istanbul Üniversitesi nde Umumî Türk Tarihi Kürsüsü nü kurdu. ikinci Dünya Savaşı nın sonlarına doğru Türkiye de Sovyetler aleyhine faaliyet ve Turancılık suçundan tutuklanıp mahkeme edildi. 10 yıl hapse mahkum edildiyse de Askerî Mahkeme kararı bozdu ve Togan beraat etti.
1948 de yeniden döndüğü üniversitedeki görevine ölümüne kadar devam etti. 1951 de istanbul da toplanan XXI. Müsteşrikler Kongresi ne Başkanlık etti. Bu onun bilimsel alandaki şöhretini çok daha artırdı.
Zeki Velidi Togan 26 Temmuz 1970 te istanbul da vefat etti.