Homofobinin nedenleri toplumsal, dini, ideolojik ya da psikolojik olabilir. Homoseksüel ilişkinin birçok dinde veya mezhepte lanetlendiği, dini metinlerde Sodom ve Gomora örneğinde olduğu gibi homoseksüelliğin kabul gördüğü toplumların tanrı tarafından cezalandırıldığı öne sürülmüştür.
