Günümüzde çeşitli kişiler ve kuruluşlar resmî anlatının doğru olmadığını ve saldırının israil tarafından kasıtlı olarak gerçekleştirilen operasyon olduğunu öne sürmekte, veya en azından israil anlatısına inanmadıklarını söylemektedirler. Bu kişiler arasında USS Liberty mürettebatı, dönemin dışişleri bakanı Dean Rusk, dönemin CIA müdürü Richard Helms, dönemin NSA müdürü William Eldridge Odom, Johnson'un yaveri Clark Clifford, olayı soruşturmak için kurulan Amerikan komisyonunun baş danışmanı Ward Boston, ABD dışişleri bakanı müşaviri George Ball ve diğer birçok önde gelen devlet adamı ve askerî kişilik de bulunur. israil'in böyle bir saldırı gerçekleştirmesine neyin sebep olduğuna dair en öne çıkan iki teori; saldırının 1954'te Mossad tarafından gerçekleştirilen başarısız Susannah Operasyonu'na benzer şekilde Mısır'ı suçlayıp ABD'yi israil'in tarafında savaşa çekmek amaçlı bir sahte bayrak operasyonu olduğu, veya geminin mürettebatının israil askerlerinin Mısırlı sivillere ve savaş tutsaklarına karşı gerçekleştirdiği katliamlara şahitlik ettiği ve israil'in katliamların hikâyelerinin yayılmamasını istemediği için gemiyi batırmaya çalıştığıdır.
