Pedofilinin değişik nedenleri olabilir. Durup dururken pedofilik arzular duyma varsa, prefrontal korteks, temprol korteks, hipotalamusta gelişen tümor olabilir.
Ayrıca anterior temprol lobun bir kısmı alınan epilepsi hastalarında pedofilik eğilim olabilir.
Cinsel engellemenin ortadan kalktığı Klüver Bucy Sendromu olabilir.
MRI yöntemi kullanılarak yapılan bir araştırmada pedofillerde hipotalamus, stria terminalisin yatak çekirdeği ve cinsiyet, korku ve saldırgan davranışları etkileyen bir rolü olan amigdalanım daha az gri madde içerdiği ortaya konmuş.
