16 Şubat 1919 tarihinde, henüz 39 yaşında iken, Paris'te Tuileries Garden yakınlarında kalmakta olduğu, Hotel Lotti'deki odasında yakalandığı ispanyol gribi hastalığı sebebiyle hayatını kaybetti.
Ölümünden 88 yıl sonra, 2007'de, yaşayan tüm akrabaları, virolog John Oxford yönetimindeki bir ekibe, bilimsel bir araştırma için Sykes'ın mezarından çıkartılıp, bedeninin incelenmesi için izin verdiler. Sykes öldüğünde, kurşun kaplı bir tabutta defnedildiği için, cesedinde bozulmadan kalan ve bilimsel incelemede kullanılabilecek ispanyol gribi virüsü bulunması ümit edilmekteydi. Alınan örnekler gelecekte ortaya çıkacak grip salgınlarında kullanılabilecekti. ispanyol gribi, H1N1 adı verilen ve mutasyona uğrayarak insanlara sirayet etmiş bir kuş gribi virüsüydü. Bilim adamlarının elinde, ispanyol gribi vürüsünden sadece beş adet örnek daha vardı. Profesör Oxford ve ekibi iyi korunmuş bir naaş bulmayı ümit etmişti. Fakat Sykes'ın tabutu, üzerindeki toprağın ağırlığına dayanamayarak kırılmış ve ceset de çürümüştü. Sadece akciğer ve beyin dokusundan örnekler alındı. Ceset olduğu gibi bırakılarak, mezar kapatıldı.
