Bir ilkokul öğretmeni olan Hasan El-Benna tarafından 1928 yılında Mısır'da kurulmuştur. Müslüman Kardeşler'in etkinlikleri Suriye siyasetinin ayrılmaz bir parçası olmuştur. 1930'ların ortasından itibaren, Mısır'a okumaya gidip örgütün oradaki faaliyetlerinden etkilenen öğrencilerin Suriye'ye döndüklerinde ilk tohumlarını atarlar. Mısır El Ezher'e hukuk okumaya gidip 1941'de El-Benna ile yakın temasa geçen Mustafa Es Sıbai de örgütün Suriye kolunun ilk lideri olarak kabul edilir.
Merkez karargah Halep'tedir.
Suriye'de önceleri Fransız mandasına karşı islami çizgide sosyopolitik düzen arayışını seslendirmiş olan örgüt, bağımsızlık (1946) sonrası süreçte ülkede hakim modernist, seküler ve "sol" havaya karşı aynı arayışı sürdürmeye devam etmiş, özellikle de sosyalist bir pan-arabizm'i ideolojik mihver edinen Baas iktidarına karşı mücadele çizgisi benimsemiştir.
Hem 1948 savaşında israil karşısındaki Arap yenilgisi, Hem de Nasır Mısır'ı ile 1958'de etnisist-seküler temelde gerçekleştirilen Birleşik Arap Cumhuriyeti Deneyiminin 1961'de hayal kırıklığı ile sonuçlanması, Müslüman Kardeşler'in Suriye'de çoğunluk oluşturan Sünni toplumsal kesim üzerindeki ağırlığını kalıcı hale getiren önemli olaylardır.
1963 yılındaki "Baasçı" askeri darbe sonrasında Müslüman Kardeşler'in Suriye'deki faaliyetlerine yasak getirildi. islam'ı araplık karşısında ikincileştiren Baasçı anlayış, tabi ki "ihvan'ın" politik - ideolojik pozisyonu için kabul edilmezdir ve örgütün Suriye'de mücadelesini odaklaştırdığı ana hedefi belirlemiştir.
1964 başlarında kent merkezlerinde ekonomik durumun bozulmasına bağlı olarak başlayan rahatsızlıklar, Müslüman KArdeşler'in yasaklı olsalar daetkinliklerini tekrar başlatmaları için uygun ortamı yarattı. Ancak 1966'de Baas içi kırılmadan üstünlükle çıkan radikal ve Suriye milliyetçisi kanadın hem Sünni hem de Alevi kırsal kesim ahalisinin büyük desteğine sahip olması; bunun yanı sıra kentlerde kendisine bağlı silahlı işçi milisleri ile ordu tarafından da arkalanması, onu "ihvan" karşısında güçlü kılmıştır.
1970'de iktidara geçen Hafız El Esad'ın başlangıçta Müslüman Kardeşler'in desteğini aldığı söylenebilir. Bunda Esad'ın tüketim malları üzerindeki gümrük denetimini yumuşatması ile küçük ve orta ölçekli özel girişimi teşvik etmesinin payı büyüktür. Çünkü bunlar örgütün Suriye'de bel kemiğini oluşturan şehirli tüccar ve küçük üreticiyi memnun etmiş ve onların rejime karşı olan tepkisini sindirmiştir.
Ancak 1973'te işlerliğe sokulan yeni anayasa, "ihvan" yanlısı ulemanın ciddi tepkisiyle karşılaştı. Anayasann "laik" ve "ateist" nitelikli olduğu gerekçesiyle saldırıya geçen Ulema, islamın devletin dini olarak kabul edilmesi talebinde bulundu.
Esad 1976'da bir yıldır devam etmekte olan Lübnan iç savaşına bu ülkedeki Maruni Hristiyanlardan yana müdahale edince Müslüman Kardeşler'in öfke ve nefretini daha da üzerine çekti. Suriye'nin Sovyet silahlarına ve danışmanlarına giderek artan bağımlılığından, hükümetin rüşvet ve suistimallerinden ve yüksek enflasyondan kaynaklanan rahatsızlıkları da değerlendiren örgüt, Esad rejimini hizipçilik ve "Bozuk Müslümanlar" dan müteşekkil olmakla itham etmiştir.
Örgütün hedef kitlesini oluşturan Sünni Müslüman çoğunluk açısından, seküler eğitimli yönetici elitin dinsel aidiyeti olan Aleviliğin islam Dairesine girip girmediği konusu zaten hep tartışmalıydı.
Esad'ın Lübnan iç savaşına müdahalesinin hemen ardından Müslüman Kardeşler, Suriye'de rejime karşı cihat ilan etmeye karar verdi. Alevi liderlere, gizli servis üyeleri ve istihbaratçılara yönelik suikastler birbirini izledi.
1979'da Halep harp Okulu'nda bir sünni subayın da işbirliği ile 200 Alevi öğrencinin üzerine büyük çaplı silahlar kullanılarak açılan ateş sonucunda 83 öğrenci öldürülünce rejim, Halep'te öldürülenlerin intikamını 1980 Ağustos'unda yine aynı şehirde güvenlik kuvvetlerine ateş açıldığı söylenen bir binadaki 80 kişiyi dışarı çıkarıp anında infaz ederek almıştır.
Ancak bunun öncesinde Esad'ın gerginliği yumuşatma yolunda ödün olarak değerlendirilebilecek bazı uygulamalara da gittiğini kabul etmek gerekir. O, 200 kadar siyasi suçluyu serbest bırakmış; halkın hoşlanmadığı;şikayetçi olduğu bazı valileri görevden almış; devlet tarafından işletilen şirketlerin başındaki yöneticilerden 25'ini rüşvet, yolsuzluk ve yetersizlikleri nedeniyle uzaklaştırmıştır.
Fakat muhalifler, Esad'ın bu tasarruflarını zayıflık olarak değerlendirdi. Ocak 1980'de Şam'da ona karşı başarısız bir suikast girişiminde bulunulunca rejim, taviz ve uzlaşma yolunu terk ederek sert bir baskı politikasına yöneldi. Güvenlik güçleri hapiste bulunan 100'den fazla "ihvan" üyesini infaz etti. Temmuz 1980'de parlamento Müslüman Kardeşler'e üyeliği, hatta onunla bağlantıyı devlete karşı suç sayıp ölüm cezasına çarptıran bir yasa çıkardı. Müteakiben Halep'te 80 kişinin katledilmesi olayı gerçekleşti.
Rejimin bu gaddar operasyonları karşısında örgütün direnci düşmeye başlayınca toparlanma yolunda strateji değiştirilerek Ekim 1980'de "ihvan" öncülüğünde, ama daha geniş bir kitlesel katılımı hedefleyen "Suriye islam Cephesi" kuruldu. Bu oluşumun programına "Suriye islam Devrim Deklarasyonu ve Programı" adı verilmiştir.
Bu arada Suriye'nin Körfez Savaşı'nda Irak'a karşı iran'ı desteklemesi hem ülke içinde hem de Arap DÜnyası'nın genelinde Esad Rejiminin Sünniliğe yabancılaşmasını iyice arttırdı.
Şubat 1982'de Hama'da Müslüman Kardeşler öncülüğünde başlatılan ayaklanma, rejim tarafından büyük çaplı ve daha önce görülmedik şiddetle, tam anlamıyla bir kitlesel kıyıma gidilerek bastırıldı. Kimilerine göre 20 Bin, Kimilerine göre ise 40 Bin insanın ölümüyle sonuçlanan bu katliamın çok fazla su yüzüne çıkmaması, Aynı yıl israil'in Lübnan'ı işgal etmesi nedeni ile gölgede kalmasına bağlanabilir.
Olaylarda ölmeyenlerin de müebbet hapse mahkum edilmesiyle Suriye'de rejim Sünni- islami muhalefeti iyice sindirdi. Suriye ihvan'ının pek çok üyesi ve lider kadrosu bu olaydan sonra Suriye'yi terk ederek dünyanın pek çok ülkesine dağılmıştır.
Temmuz 2000'de devlet başkanı olunduğunda babasının korkuya dayalı otokratik yönetimiyle bugünün dünyasında yol alınamayacağını sezen Beşşar Esad'ın kısmen daha liberal bir yönetim sergileme tercihinin sonucu olarak Müslüman Kardeşler'in hapisteki üyelerinin bir kısmı serbest bırakıldı.Sürgündeki önder kadrosu da oğul Esad'ın kendilerine "Zeytin Dalı" uzatmasını beklediklerini ifade ettiler.
Ağustos 2010'da örgütün liderliğine getirilen Riyad Şakfa, Beşar Esad'ın özgürlük, insan hakları ve demokrasinin önünü açması durumunda rejim karşıtı faaliyetleri bırakarak yasal bir siyasi
partiye dönüşebileceklerini belirtti. Örgütün en güçlü olduğu ikinci ülke Suriye'nin lideri Beşşar Esad'ın, Müslüman Kardeşler'in anavatanı Mısır'da Hüsnü Mübarek rejimine karşı yaşananlara paralel olarak iktidarının başlangıcında reform politikalarına hız kazandırması, belki "Mübarek'in
kaderi"ni paylaşmama kaygısıyla açıklanabilir.
Ama sonrasını hemen herkes biliyor. Arap Baharı'nın Arap Cehennemi'ne dönüştüğü 2010'lar dönümünde Mısır'da bir askeri darbeyle Müslüman Kardeşler (Mursi) yönetimi devrilirken,
Suriye de giderek küresel güç odaklarının satranç tahtasına ve dehşet verici bir av sahasına dönüştü. Babasının kurduğu "korku cumhuriyeti"ni kendince liberal enginlere açma
hayali kuran Beşşar Esad da babasını aratmayacak bir despota…