dünyadaki mevcut 2 örgütün arasındaki savaşı anlatan oyundur.
desmond miles: oyundaki hayali ana karakterdir. abstergo tarafından kaçırılana dek geleceğe dair planı olmayan, sıradan bir barmen.
tapınakçılar tarafından kaçırılmasından sonra bir odaya kapatılır. sebebi ise miles'in atalarının geçmişteki en iyi, acımasız, başarılı suikastçilerden olmasıdır. ayrı zamanda o atalar, apple of eden ile de en çok teması kurmuş kişilerdir. cesur, bilgili ve yetenekli. miles'in kanında da bu özellikleri barındırdığını düşünür tapınakçılar.
çeşitli deney ve işkenceler ile desmond'un içindeki o ataerkil kanı dışarı çıkarırlar ve oyun başlar/sona erer.
