Amcası padişah Birinci Abdülhamid, şehzade Selim’i sarayda göz önünde bulunduruyor, ancak yine de onun eğitimine önem veriyordu. Padişah Birinci Abdülhamid’in ölümü üzerine, Padişah Üçüncü Selim 7 Nisan 1789 günü, 28 yaşındayken Osmanlı tahtına çıktı. padişah Üçüncü Selim tahta çıktığı zaman, halk ona büyük ümitler bağladı. Halk genç hükümdarın, Osmanlı Devleti’ni o eski güçlü ve ihtişamlı devirlerine geri döndüreceğini düşünüyordu.
padişah üçüncü Selim tahta çıktığında Osmanlı Devleti hem Avusturya hem de Rusya'yla savaş halindeydi. Başarısızlıkla sonuçlanan bu savaşlar 1792 yılında Avusturya'yla yapılan Ziştovi Antlaşması ve 1792 yılında Rusya'yla yapılan Yaş Antlaşması ile son buldu. Böylece padişah üçüncü Selim Osmanlı Ordusu'nda çoktandır yapmak istediği yenilikleri yapma fırsatı buldu. 1793 yılında Nizam-ı Cedid ordusunu kurdu. Bu sırada Napolyon Bonapart'ın komutası altındaki Fransız orduları Osmanlı Devleti'ne ait olan Mısır'a saldırmıştı (1798). Osmanlı ordusu ingilizlerin yardımıyla Mısır'ı başarıyla savundu. 1801 yılında yapılan El-Ariş Antlaşması ile Fransa Mısır'daki emellerinden vazgeçti.
1807 yılında Nizam-ı Cedid ordusunun kaldırılmasını isteyen yeniçeriler Kabakçı Mustafa'nın önderliği altında ayaklandılar. (bkz: Kabakçı Mustafa isyanı). padişah üçüncü selim Nizam-ı Cedid ordusunu dağıtmak ve 29 Mayıs 1807 tarihinde de tahttan çekilmek zorunda kaldı. padişah üçüncü selim'in yerine geçen amca oğlu padişah dördüncü Mustafa, padişah üçüncü selim'i tekrar kafese geri gönderdi. 28 Temmuz 1808 tarihinde padişah üçüncü selim'i tekrar tahta çıkarmak amacıyla Rusçuk ayanı Alemdar Mustafa Paşa saraya yaklaşırken padişah üçüncü selim, padişah dördüncü Mustafa'nın emriyle boğduruldu. padişah üçüncü selim ile onu idam etmeye gelen yeniçeriler arasında büyük bir boğuşma geçtiği bilinmektedir. padişah üçüncü selim'in cenazesi Laleli Camii'nin avlusunda babası padişah üçüncü Mustafa Türbesi'ne defnedildi.
