Ağabeyi padişah Dördüncü Murad’ın 1640 yılındaki âni vefatı, zaten ölüm düşünceleriyle harap olmuş Şehzade ibrahim’i çok sarstı ve padişah olduğuna inanmak bile istemedi. Annesinin ve devlet erkânın ısrarlarından ve ağabeyi padişah Dördüncü Murad’ın cenazesini gördükten sonra ağabeyinin vefatına kesin olarak inandı.
padişah ibrahim, tahta geçtiği ilk yıllarda sinir hastalığı yüzünden sık sık kriz geçiriyordu. Ancak, daha sonraki yıllarda devlet işleriyle bizzat ilgilenmeye başladı. Padişah ibrahim, tahta çıktığında soyunun tek şehzadesi o kalmıştı. Bu yüzden ilk oğlu Şehzade Mehmed (Padişah dördüncü Mehmed) doğduğunda ülkede şenlikler düzenlendi.
Saltanatı sırasında, annesi Kösem Sultan’ın etkisinde çok kaldı. Sekiz yıl dokuz ay padişahlık yaptıktan sonra, 8 ağustos 1648 tarihinde tahttan indirildi. tahttan indirildikten tam 10 gün sonra hapis edildiği odada boğularak öldürüldü. Yerine Turhan Sultan'dan doğma 7 yaşındaki oğlu Padişah dördüncü Mehmed padişah oldu.
