her iki ülkenin nüfus yapısını homojenleştirmek ve azınlıklardan doğacak sorunları önlemek için almış oldukları ortak bir karardır. yinede birbirlerinin işlerine burun sokmak için karşılıklı olarak batı trakya türkleri ve istanbul rumları kapsam dışı tutularak göç ettirilmemiştir. o sıralar italyanın elinde bulunan 12 ada türklerinin adalarda kalması sonucunda türkiye bozcaada ve gökçeada rumlarının kalmasına izin vermiştir.
göç hem türkiye hem de yunanistan için yıkıcı olmuştur. 5 milyon civarında nüfusa sahip yunanistan a savaş ve arkasından mübadele den birkaç ay içerisinde 2 milyona yakın insan girmiştir. yerleştirecek konut bulunamayan anadolu rumları aylarca pire ve selanik limanında barakalarda yaşamıştır. özelliklede iç anadoludan karaman, nevşehir ve kayseri-talas civarından gelen anadilleri türkçe olan rumlar büyük zorluk çekmiştir. mübadilleri yani 'rembet' leri yerleştirmek ve iş sahibi yapmak için zaten suyunu çekmiş yunan hazinesinin zorlanmasıyla yunanistan tarihindeki en büyük ekonomik sıkıntı ve açlık başlamış halk yiyecek ekmek bulamamıştır. bu açlıkta o zamanki yunanistan ın çiftçi sınıfının önemli kesimini oluşturan türk ve müslümanların türkiyeye göç etmesinin payı da büyüktür. mübadiller sonucu açlık çeken yunanlar kültürleri kendilerinden oldukça farklı olan anadolu rumlarını dışlamış ve onlara 'turcosporos' yani türk tohumları demiştir. yunanistan mübadelenin yıkıcı etkisinden ancak ikinci dünya savaşından sonra amerikan yardımlarıyla kurtulabilmiştir. mübadele yunanistan kültürünü, edebiyatını ,müzüğüni ve hatta mutfağını etkilemiş anadolu kültürü yunanistana taşınmıştır. rembetiko doğmuştur.
mübadelenin etkisi türkiye de yunanistan da ki kadar derin hissedilmemiştir. yunanistan tan mübadeleyle türkiyeye giriş yapan 500.000 kadar türk ve müslümana buradan giden 2 milyon kadar rumun malları dağıtılınca herkese fazla fazla mal düşmüştür. balkan kültürü türkiye ye taşınmış zaten çiftçilikle uğraşan halk özelliklede batıdaki tütün ve üzüm bölgelerine yerleştirilmiştir. ancak tarım bölgeleri dışında zanaat ve ticaretle uğraşan rumların yokluğu hemen hissedilmiş, mimari ve işçilikte büyük gerilemeler yaşamıştır. anadolunun pek çok şehri kimliğini kaybetmiştir.
