Viyana da mağlup olan Merzifonlu Belgrad a gelmiş, padişahın kararını beklemekteydi. Neticede padişah Merzifonlu nun kafasını getirmek üzere Ahmet Ağa yı görevlendirdi. Ahmet Ağa, Belgrad a geldi ve Merzifonlu ya:
-Hünkarımız sizden emanet olan mühr-i hümayunu, sancak-ı şerifi ve müftah-ı kabeyi ister, dedi.
Merzifonlu istenilen şeyleri Ağa ya teslim etti ve:
-Bize ölüm var mı Ahmet Ağa, diye sordu.
Ahmet Ağa da:
-Olmak gerek sultanım, diye cevap verdi.
Merzifonlu bu sözlerden sonra iki rekat namaz kıldı, odada bulunanları dışarı çıkardıktan sonra ilmeği eli ile boynuna geçirdi, Ahmet Ağa ya:
-Hadi Ahmet Ağa, bizi dualarından eksik etme, işini bitir, dedi.
Celadlar iki yandan çektiler ve Merzifonlu yu boğdular. Kesilen baş bir torbaya konulup Edirne ye yollandı. Tarihi kaynaklara göre Merzifonlu nun kesik başı Edirne Sarayı nın önüne konduğu zaman, bir yıldırım isabet edip kafayı yakmıştır