ilber Ortaylı’ya göre istanbul’daki bir depremden sonra halk ayaklanmış ve depremin rasathane yüzünden olduğunu söylemişlerdir. Sarayın önünde büyük gösteriler olmuş, bunun üzerine III. Murat, denizden top atışı ile rasathaneyi yıktırmak zorunda kalmıştır.
Diğer bir iddiaya göre; Osmanlı coğrafyasında cereyan eden bu bilimsel çalışmalar, dönemin Şeyhülislam makamının “Gökleri incelemek uğursuzluk getirir” fetvasının padişaha iletilmesi ve bir takım siyasi çekişmeler sebebiyle engellenmiştir.
22 Ocak 1580 tarihinde padişahın emriyle Kaptan-ı Derya Kılıç Ali Paşa tarafından yıkılmıştır. Osmanlı Devletindeki bilimsel çalışmalara büyük darbe vuran bu olaydan tam 287 yıl sonra ancak 1867’de bir rasathane kurulabilmiştir.
