Yunancada hikmet anlamına gelen Sophia sözcüğünün Atbash şifrelemesi olduğu iddia edilmiştir. Bu şifreleme ibrani alfabesinde kullanılan ve harflerin sondan başa doğru yazılması esasına dayanan bir tekniktir. Bafomet kelimesi ibrani alfabesinde yazılıp üzerinde Atbash uygulandığında Sophia kelimesi türemektedir.
Yunancadaki Baphe (vaftiz) ve Metis (ustalık) kelimelerinin birleşimi olduğu iddia edilmiştir.
idris Şah'a göre Bafomet kelimesi Ebu Fihamet (Anlayışın Babası) kelimesinden türetilmiştir.
Levi'ye göre bir dizi Latince kısaltmadır. Temp. ohp. Ab - Templi omnium hominum pacis abhas (insanlar arasındaki barışın babası) demektir.
