"Kendilerini "derin devlet" olarak niteleyen ERGENEKON yapılanmasının devletin hiçbir resmi kurumuyla irtibat ve alakasının bulunmadığı, Türkiye Cumhuriyeti Anayasası ve yürürlükteki kanunların gizli-kapaklı bir oluşuma müsaade etmediği gibi kanunlann genel yapısı irtibariyla da halihazırda devletin denetimi altında olmaksızın devletin yetkilerini kullanacak hiçbir kurum ve kuruluşun bulunmadığı, bulunmasının da mümkün olmadığı açıktır. ERGENEKON yapılanmasının devlet ve rejim için bir tehlike olduğu bizzat MiT Müsteşarlığınca düzenlenen raporlarda belirtildiği, Genelkurmay Başkanlığı'nm yazısında da; bazı kişilerin geçmişte üniforma giymiş olması halen Türk Silahlı Kuvvetlerini temsil ettiği manasına gelmeyeceğini açıkça belirttiğinden ERGENEKON isimli oluşumun Türkiye Cumhuriyeti Devletinin hiçbir kurumuyla alakasının olmadığı, devlet içinde resmen böyle bir yapının bulunmadığı, ancak ERGENEKON isimli yapılanmanın gizlice örgütlenerek, kendilerine "derin devlet' süsü vererek, devletin tüm kurumlarına sızıp kendi amaçlan doğrultusunda devlet idaresini illegal olarak kendi usullerince yönetmeye çalışmak olduğu, bu amaçla kurdukları örgütün içinde Türk Silahlı Kuvvetleri'nin hiyerarşik yapısını bozacak şekilde "istihbarat Dairesi Komutanlığı" , "ÖperasyonDairesi Başkanlığı" adında özel birimler oluşturdukları ve örgütün devletin içinde yapılanmaya çalışan illegal bir örgüt olduğu sonucuna ulaşılmıştır."
