"Ergenekon Terör Örgütünün, gizli bir yapılanması olduğu, legal ve illegal alanlarda örgütlendiği, deşifre olan örgüt üyesinin öldürülmesi derecesinde katı hiyerarşik kurallarının bulunduğu, askeri birimler dahil her türlü kamu kurumunun örgütün faaliyet alanında olduğu, bütün kamu kurumlannm kontrollerinin ele geçirilmesini amaçladığı, siyasal amaçlan doğrultusunda da sözde devlet ve millet yaratına olduğu kabulü ve hemen herkesçe itiraz edilmeyecek milli değerlerin istisman propagandası ile kasten öldürme dahil yasalarda suç olarak tanımlanan her türlü eylemin gerçekleştirilebiceği anlayışına sahip olduğu ve bu kapsamda birçok eylemi de gerçekleştirdiği anlaşılmıştır. Örgütün yakın amacının ülkede yönetim zafiyeti oluşturacak derecede eylemler yapıp kamu düzenini bozacak kargaşa ortamı meydana getirmek, nihai amacının da oluşacak kargaşa ortamı ile yönetime karşı yapılacak hukuk dışı bir müdahalenin kamuoyunda kabulü ve haklılığını temin edip, hukuk dışı bir müdahale ile yönetimi ele geçirmek olduğu tespit edilmiştir.
iddianame, soruşturmanın kronolojik gelişimine uygun şekilde, gelişen olaylann, elde edilen delillerin ve delillerden şüphelilere ulaşılması aşamasının, örgüt dokümanlannm, örgütün yapısı ve bağlantılannm, örgütün gerçekleştirdiği ve gerçekleştirmeyi tasarladığı eylemlerin açıklanması sistematiğinde düzenlenmiştir."
