Evrim Ağacı'nın belirlemiş olduğu ilkeler, ekibin genel işleyişini ve mantığını anlamak açısından yol göstericidir. Bu ilkelerin kısaltılmış bir özeti, aşağıda belirtildiği gibidir[76]:
Şahsi inançlardan Bağımsızlık ilkesi: Evrim Ağacı hiçbir Tanrılı ve kutsal kitaplı (teist), Tanrılı ama kutsal kitapsız (deist), Evren’in veya doğanın Tanrı olduğunu savunan (panteist), Tanrıların ve dinlerin var olmadığını savunan (ateist) ve bunların arasında ve haricinde kalan herhangi bir dini düşünceyi savunmamakta, desteklememekte ve/veya reklamını/propagandasını yapmamaktadır.
Şahsi ideolojilerden Bağımsızlık ilkesi: Evrim Ağacı, hiçbir sol, merkez, sağ ideolojiyi ve/veya siyasi görüşü ve bunların arasında ve haricinde kalan herhangi bir siyasi düşünceyi savunmamakta, desteklememekte ve reklamını yapmamaktadır.
Bilimin Üstünlüğü ilkesi: Evrim Ağacı, Evrim Kuramı’nı bilimsel makaleler ve araştırmalara dayanmadan çürüttüğünü iddia eden, şahsi inançlarını ve görüşlerini bilime alet eden, bilim eğitimi almadan bilim ile ilgili yargılara varan ve benzer şekillerde şahsi emellerle bilimsel bilgiyi yaralamayı hedefleyen kişileri ciddiye almaz, bünyesine kabul etmez ve sınırlarında barındırmaz. Astroloji, simya, frenoloji, homeopati, din, alternatif tıp, kuantoloji, ufoloji, antik uzaylılar gibi bilim-dışı veya sahtebilime dayanan konularda bünyesindeki bireylerin şahsi inançları veya düşüncelerine karışmaz ve karışılmasına izin vermez.
Birbiriyle Bağımsız Sistemler ilkesi: Evrim Ağacı, bilimsel gerçeklerin bireylerin şahsi inançları veya yaygın inanç sistemleri üzerindeki olumlu veya olumsuz etkileri ile ilgilenmez, bu alanlarda açıklamalarda ve yorumlarda bulunmaz, bu alanlarda yorumlar ileri sürenlere izin vermez. Bilimin şahsi sistemlere değil, şahsi sistemlerin bilime adapte edilebilir olduğu gerçeğini kabul eder. Bilimin, tüm şahsi sistemlerden bağımsız olarak değerlendirilmesi gerektiğini savunur.
Bilimin Tarafsızlığını Koruma ilkesi: Evrim Ağacı, kendisiyle herhangi bir şekilde etkileşim halinde olan ve belirli bir iddiası olan şahısların, iddialarının kaynaklarını yalnızca açık bir şekilde belirtmesini değil, aynı zamanda bu kaynakları bireysel olarak, orijinal kaynaklarından okuyarak anlamış olmasını bekler. Benzer şekilde Evrim Ağacı, bilim-dışı ile bilimin karşı karşıya getirilebileceği bir tartışma platformu da değildir.
Gönüllü Şeffaflık ilkesi: Evrim Ağacı hiçbir işi gizli kapaklı, art niyetle, üstü kapalı bir biçimde, ikincil bir ajanda güderek yapmamaktadır. Evrim Ağacı'nın tek amacı Türkiye Cumhuriyeti vatandaşlarının modern bilimden haberdar olmasını sağlamak ve onlara en hızlı, güvenilir, çeşitli bilgileri; bilim dışı kaynaklar ve tartışmalarla en az zaman kaybederek (mümkünse hiç kaybetmeden) sunabilmektir. Evrim Ağacı'nın yaptığı hiçbir hatada art niyet bulunmamaktadır.
Birey Haklarının Korunması ilkesi: Evrim Ağacı sınırları dahilinde birey hakları daima korunur.
Bilimin Somutluğu ilkesi: Evrim Ağacı, bilimin somut ve test edilebilirliğe yönelik yapısından ötürü bilimle bütünleşmiş olması sebebiyle, ürettiği içerik çerçevesinde materyalist (evrendeki her şeyin ve her etkileşimin madde ve enerji temeli olduğu üzerine kurulu düşünce sistemi), natüralist (evrenin sadece doğal kuvvet ve yasalar üzerine kurulu olduğu, doğaüstü yapı iddialarının geçersiz olduğunu savunan düşünce sistemi) ve yapıcı pozitivist-bilimsel realist karışımı (geçerli ve gerçek sayılabilecek bilgilerin yalnızca bilimsel, mantıksal ve matematiksel yaklaşımlarla edinilebileceğine dayanan felsefe) bir felsefi bileşimi takip eder.
Topluluk Huzurunun Korunması ilkesi: Evrim Ağacı, topluluğun huzurunu bozan, ilkelerine uymayan kişileri, art niyetli bireyleri, bilim düşmanlarını ve işbu tüzüğün önceki maddeleriyle ilişkili olarak, bilim-dışı argümanları savunan, taraflı Evrim Karşıtları’nı bünyesinde barındırmaz.
Pozitif Öğreticilik ilkesi: Evrim Ağacı’nın görevleri arasında “Evrim Kuramı’nı insanlara kabul ettirme” gibi bir madde bulunmamaktadır; dolayısıyla kimseyi, herhangi bir bilimsel kuramı veya doğa gerçeğini kabul ettirmeye uğraşmaz. Yalnızca bilgilerin tarafsız olarak aktarılmasını kendine görev biçmiştir.
Bilimsel Yöntemin Uygulanması ilkesi: Evrim Ağacı, Evrim Kuramı’nın, bilimin diğer bütün teorileri gibi ele alınması gerektiğini savunur, destekler ve açıklar. Bu şekilde incelendiğinde, Evrim Kuramı’nın gelmiş geçmiş en güçlü bilimsel teorilerden biri olduğunu anlar ve kabul eder. Doğadaki “evrim” gerçeği ile, bunu açıklayan bilimsel açıklamalar bütünü olan “Evrim Teorisi”nin birbirinden farklı konular olduğunu kavrar. Evrimin çürütülemez bir doğa yasası/ilkesi olduğunu, Evrim Teorisi’nin ise, bir bütün olarak değil ama kısmi olarak teorinin o parçalarından daha başarılı ve aynı derecede bilimsel açıklamalarla geliştirilebileceğini ve değiştirilebileceğini savunur.
Emeğin Değerinin Üstünlüğü ilkesi: Evrim Ağacı ekibi, hiçbir kâr amacı gütmeyen, tamamen bilimin iyiliği, öğrenimi ve yayılması amacıyla çalışan, sadece "gönüllü profesyoneller"den oluşan bir bilim kurumudur. Dolayısıyla, Evrim Ağacı'nın en önem verdiği unsur, gönüllülerinin, okurlarının ve ekip üyelerinin bu bilgiler için koydukları emeklerdir. Bu emeklere karşı sergilenecek her aşağılayıcı, küçümseyici, hiçe sayıcı, hakaret içerikli, vb. tutum, Evrim Ağacı tarafından kabul edilemez olacak ve net bir tepkiyle karşılanacaktır.
Tıbbi Haklara Saygı ilkesi: Evrim Ağacı, genel sağlık bilgilerine yer vermekle birlikte, bireylerin kişisel sorunlarıyla ilgili olarak bireylere özel bir tıbbi danışmanlık vermemekte, söz konusu bireyleri tıp kurumlarına yönlendirme yapmak haricinde herhangi bir fikir alışverişinde bulunmamaktadır.
Yapıcı Eleştirinin Üstünlüğü ilkesi: Evrim Ağacı kendisine yöneltilen, olumlu veya olumsuz olmasından tamamen bağımsız olarak, her türlü yapıcı eleştiriye açıktır.
Açık Kapı ilkesi: Evrim Ağacı, kendisine yukarıda sayılan ilkelere sadık kalmak kaydıyla katkı sağlamak isteyen herkese açık bir oluşumdur. Her birey, kendi kapasite, istek, beceri ve yetenekleri dahilinde, tamamen gönüllü bir şekilde Evrim Ağacı'na katkı sağlayabilir.
