Rusya'daki Müslüman Bolşeviklerin özerk örgütlenmesi Stalin'in müdahaleleriyle yavaş yavaş tırpanlanmaya başladı. Sultan galiyev ise özerkliği korumak için Politbüro'ya direnişe geçti ancak süreci engelleyemedi. 19 Ekim 1918'de MÜSKOM'un yerel örgütlerinin Moskova'daki Müslüman Komiserliğine, yani Sultangaliyev'e değil bulundukları bölgelerdeki Bolşevik Parti örgütlerine bağlanması kararı çıktı. Bu kararı değiştirmek isteyen Sultangaliyev 5 Kasım 1918'de 1. Müslüman Komünistleri Kongresi'ni topladı. Kongrede Stalin ile açık bir tartışmaya girişti ancak istediği kararların çıkmasını sağlayamadı. Stalin'in isteği üzerine Kongre, Müslüman Komünist Partisi'ni lağvetme ve en küçük atölye hücresine varana kadar Rusya Komünist (Bolşevik) Partisi'ne bağlama kararı aldı. MÜSKOM da lağvedildi ve Sultangaliyev'in rütbesi Tatar-Başkurt Komiserliği olarak ilan edildi. Böylece Sultangaliyev Rusya'daki bütün Müslümanların değil sadece Tatar ve Başkurtların lideri konumuna indirilmiş oluyordu. 18-23 Mart 1919 tarihleri arasında toplanan Bolşevik Parti 8. Kongresi'nde ise Sultangaliyev'in bütün karşı çıkışına rağmen ulusal komünistlerin tümünün kaldırılması kararı alındı. Stalin'in başkanı ve Sultangaliyev'in başkan yardımcısı olduğu Müslüman Örgütleri Merkez Bürosu'nun ismindeki Müslüman kelimesi de çıkarıldı ve büro Doğu Halkları Komünist Örgütleri Merkez Bürosu'na dönüştü. Stalin'in Kongre'deki konuşmasında açıkça "milliyetçi" olarak suçlanınca Sultangaliyev artık geri dönüşü olmayacak bir süreci başlatan şu cümleleri kurdu: "iç cebimde parti kartı taşırken ben bu eşitsizliği hak eden biri değilim. Siz SSCB kurma fikrini bozmak yolundasınız, Yoldaş Stalin. Sizin teklif ettiklerinizin hepsi, Lenin'in önünde göz boyayarak anlatılmış bir ikiyüzlülükten ibaret!" Sultangaliyev bununla da yetinmedi ve Lenin'in hasta olduğu için katılmadığı Kongre'nin kararlarını Lenin'e götürerek onun da fikrini almayı önerdi. Stalin'in yanıtı çok sert oldu ve Sultangaliyev'i parti düşmanlığıyla suçladı. Nitekim Sultangaliyev bu kongreden 15-20 gün sonra bütün yöneticilik görevlerinden alındı. 25 Nisan 1923 tarihinde toplanan 12. Parti Kurultayı'nda Stalin'e yönelik eleştirilerini daha da sert bir biçimde dile getirince 4 Mayıs 1923'de tutuklandı. Moskova'daki Lyubertsi hapishanesine götürüldü ve 45 gün boyunca bir hücrede kapalı kaldı. 9 Haziran 1923'te Politbüro Sultangaliyev'e verilecek cezayı belirlemek için pek çok Bolşevik Müslüman kadronun da katıldığı geniş bir toplantı gerçekleştirdi. Stalin toplantıda Sultangaliyevciliğin milliyetçilik olduğunu ve Bolşevik Devrim için önemli bir ideolojik tehdit haline geldiğini söyledi.
kaynak: Sultangaliyev, Bütün Eserleri, (Yayına Hazırlayan: Özgür Erdem), ileri Yayınları, 2006, s. 777. Stalin, J. V. Eserler Cilt 5, inter Yayınları, istanbul, 1990, s. 249 vd.