2001’de ABD’de George W. Bush Başkan oldu. Onun dönemi, ılımlı islam projesine inanan Yeni Muhafazakârların (Neo-Con) dönemi olarak ortaya çıkacaktı. Ayrıca Irak’a askeri müdahale planları üzerinde çalışmalara başlanmıştı. 15 Kasım 2002’de Ankara’daki ABD Büyükelçisi, Washington’a şöyle bir telgraf göndermişti: ‘Türkiye’de ordu, bürokrasi ve yargıdan bir derin devlet vardır. Derin devletin merkezinde de ordu bulunmaktadır. Derin devlet, ABD’nin de desteklediği reformların önündeki en büyük engeldir.’ Bush yönetimi; Türk ordusunu, derin devlet olarak görmekteydi. Bu derin devlet; Ortadoğu’nun yeniden şekillendirilmesine, ılımlı islam konseptinin uygulanmasına, Türkiye’deki terör sorununun ‘siyasi çözüm’ ile çözülmesine engeldi. 1 Mart 2003’te tezkerenin geçmemesinin sorumluluğu da TSK’ya yıkılınca, bu yönetimin TSK’ya karşı yapılanlara sıcak baktığı, devlete ait bazı kurumların ve kurumlardaki bazı kişilerin bu oyunda rol aldıkları veya destek verdikleri ifade edilebilir. (Ergenekon davasının temyiz duruşmasında söyledikleri.)
