Emeviler zamanında orijinal orijinal kur'an metni ortadan kaldırılmış ve istinsah edilen (kopyalanan (matbaa olmadığı için el yazısıyla kopyalama yapılıyordu)) metinlerde ilave edilen harekeler ve sesli harflerin anlam kaymasına/kaybına sebep olduğu uzun süredir tartışılır.
bazı hadis kaynaklarında görülen "Muhammed'in vefatında ashabın cenaze işleri ile meşgul iken bazı Kur'an sayfalarını bir keçinin yemiş olduğu" rivayeti ve benzeri diğer bazı rivayetler gene ayrı bir tartışma konusudur.
Yemen'de bulunan "San'a Kur'an parşömeni" üzerinde yaptığı ayrıntılı radyokarbon incelemeleri neticesinde gerd-rüdiger Puin, Kur'ân'ın islam peygamberi Muhammed'in henüz peygamber olmadan evvelki döneminde yazılmış olan birçok hikâyeleri ihtivâ ettiğini ifade etmiştir. Puin'in bulgularının tartışmalı oluşu ve Müslümanları rencide edici nitelikte bulunması nedeniyle araştırmaları Yemenli yetkililer tarafından durdurulmuştur.
Kur'an'ın kaynağına yönelik ilk eleştirilerden birisi bir vahiy kâtibi tarafından dile getirilmiştir. Enes bin Malik'in sözleri şöyledir: ”Bir adam vardı. Neccaroğullarından, Hristiyan'dı, Müslüman olmuştu. Bakara ve Ali imran surelerini okumuştu. Peygambere de vahiy yazıyordu. Sonra, yeniden Hristiyan oldu ve kaçıp Hristiyanlara katıldı. 'Ben ne öğretip kendisi için yazdımsa, Muhammed yalnızca onu bilir, başka bir şey bilmez,' demeye başladı."
Ebu Hüreyre'den rivayet edilen bir hadis şu şekildedir; "Ehl-i kitap, Tevrat'ı ibranice olarak okur, bize de Arapça olarak açıklamasını yaparlardı. Buna karşılık Muhammed bize, 'siz onları ne doğrulayın, ne de yalanlayın' derdi". Yazar Arif Tekin'nin makalelerinde ise Kur’ân'ın yazımından önce benzer anlatımları içeren yazılı metinlerin Muhammed'in elinde bulunduğu bilgilerini içeren rivayetlere yer vermektedir. Ayrıca Sümerler'den Yahudiliğe ve oradan da Kur’ân'a geçtiğini ifade ettiği çok sayıda uygulama ve inancın mevcûdiyetinden bahsetmektedir.
islâm ilahiyatçılarınca ihlas suresi gibi Kur’ân'ın bazı ayetlerine dayandırılan tevhid ilkesi gereği, Tanrı yaratılmış olanlardan hiçbirine benzeyemez ve benzetilemez (Muhalefetün lil havadis). Bu benzetimleri (antropomorfizm) yapanlar dindışı (kafir) sayılırlar. Ancak bu kuralın bazı ayet ve hadislerde ihlal edildiği eleştirmenlerin dikkatlerinden kaçmamıştır.
Kur'anda zamir, isim ve sıfatların uygunsuz kullanımı, müzekker-müennes uygunsuzluğu, tekillik-çoğulluk kurallarına uyulmaması gibi değişik kategorilerde incelenen çok sayıda gramer uygunsuzluğu bulunur. Bu uygunsuzluklar değişik teorilerle izah edilmeye çalışılmıştır. Konu farklı kişilerce hata veya istisnai kullanım olarak değerlendirilir. Kur’ân'daki gramer uygulamaları ile ilgili bir iddia da gelecekle ilgili ifadelerde mazi (geçmiş) sigasının kullanımıdır. Buna göre bu şekilde anlatımın başka örnekleri de bulunmakta ve Ay'ın gelecekte parçalanacağı Kamer suresinde bu şekilde anlatılmaktadır.
