Daha sonra Rüstem Paşanın ölümünü görmüş ona da bir Mersiye yazmış. Mersiyeler bir üzüntü ve keder şiiridir. Bunun en güzel örneği de Kanuni’nin ölümü üzerine Baki’nin yazdığı mersiyedir. Yahya, Rüstem paşa için yazdığı mersiyede üzülmekten çok sanki sevinmiş gibidir:
N’ola ol gitdi ise bâkî kalan sag olsun
Yirde yatdukça babam oglı fülân sag olsun
Çok yaşasun bunı yazan okıyan sag olsun
Gülmez idi yüzi mahşerde dahi gülmeyesi
Çog iş itdi bize ol saglık ile olmayası
Rüstem için, öldüyse ne olmuş ki, geride kalanlar sağ olsun, bu dünyada yüzü gülmez idi, mahşerde de gülmesin diyerek, beddua etmektedir.
