Futbola, Ceske Budejovice forması altında başlayan Poborsky, 3 yıl boyunca bu kulübün sözleşmeli oyuncusu olarak görev yapmıştır. Budejovice’de 82 lig maçında forma giyen Karel Poborsky, 15 gol atmıştır. 1994’te Viktoria Zizkov’a transfer olan Poborsky, burada sadece 1 yıl forma giymiş ve bu süre zarfında 28 maçta 10 kez gol sevinci yaşamıştır.
Başarılı bir kariyer açılışı yapmış olan Poborsky, 22 yaşında Slavia Prag’a transfer olmuştur. Slavia Prag’da sıra dışı bir kanat olarak görev yapan ve takımının yükünü sırtlayan Çek yıldız çıktığı 26 maçta 11 gol atınca Avrupa transfer piyasasının gözde isimlerinden biri haline gelmiştir.
