Altyapı eğitimini Clairefontaine futbol akademisinde aldıktan sonraki profesyonel futbolculuk kariyerine PSG'de başlamıştır. Çok geçmeden yeteneği Arsène Wenger tarafından fark edilip henüz 18 yaşında iken Arsenal'a transfer olmuştur. ilk başlarda forma şansı bulamasada bir süre sonra 11de sahaya çıkmaya başlayan Anelka Arsenalin o sene hem lig hem de federasyon kupasını kazanmasına katkıda bulunmuştur. 1998-99 sezonunda başarısını sürdüren Anelka, yılın en iyi genç futbolcusu ödülünü almıştır. Arsenal'de oynadığı 2 sezonda 23 gol atarak dünya devlerinin dikkatini çekmiştir. 1999 yılına gelindiğinde Anelka, Arsenal ile sorunlar yaşamaya başlamış kısa bir süre sonra 22.3 milyon sterlin gibi bir rakama Real Madrid e transfer olmuştur.
