Adaya ilk yerleşen insanlar yakındaki Afrika kıtasından değil, Endonezya üzerinden Hint Okyanusunu aşarak buraya geldiler. Bugün Madagaskar halkının konuştuğu Malgaş dili de bu göçmenlerce Güneydoğu Asya adalarından buraya taşındı. Malgaşçanın en yakın akrabaları Madagaskar’dan binlerce kilometre uzakta, Borneo adasının güneyindeki Barito nehri civarında konuşulan dillerdir. Bu Endonezyalı göçmenleri yaklaşık bin yıl sonra, 1000 yılı civarında Afrika’dan gelen yeni bir göçmen dalgası izledi. Afrikalı Bantular, daha çok kıyılarda ve adanın batı yarısında yerleştiler ancak kendi dillerini kullanmayı bırakıp adada yaşayan Endonezyalıların dil ve kültürüne asimile oldular. Endonezyalılar hala adanın iç ve dağlık kısımlarıyla, doğu yarısında yoğunlaştılar. Bu sebeple kıyılardaki yerliler antropolojik tip itibariyle daha Afrikalı görünümlü, adanın iç kısımlarında yaşayan Merinalar gibi diğer bazı Endonezya kökenliler ise daha Asyatik fiziksel özellikler taşır.
