Otoriter rejime olan eğilim: Siyaset bilimciler ve akademisyenler tarafından istikrarlı olmadığı ve demokratik olmayan bir sistem yaratma riskinin bulunduğu nedeniyle eleştiriliyor.
Kuvvetler ayrılığı: Bazı durumlarda devletin değişik organları arasında istenmeyen tıkanıklara neden olabileceği belirtiliyor.
Başkanlık değişiminde engeller: Başkan olan kişinin 4 yıllık görev süresi dolmadan başkanlıktan uzaklaştırılmasının çok zor olması bir başka eleştiri konusu.
Ülkelerin siyasi geleneklerine göre farklılıklar: Bazı siyaset bilimcilere göre başkanlık sisteminin tamamen kendisine özgü şartları olan ABD dışında, istikrarlı bir demokrasi yarattığı görülmemektedir.
