beynin bizi kontrol etmesi daha kuvvetle muhtemeldir. beynin elektriksel aktivitesi, nöronların belirli arzular ve eylemler yönündeki kontrol edilemeyen impulsları- kısaca dürtüler- ve hormonal aktivitler sonucunda özgür iradenin aslında var olmayabileceği konusunda ciddi şüphelere düşürür. bu durum matrix serisinde merovingian karakterinin repliklerinde açık ve etkileyici şekilde dile getirilmiştir. zaten bu konu başlı başına felsefi bir sorun olarak da ele alınmıştır ve hala eskimemiş, eskimeyecek olan bir özgür irade sorunsalıdır. konu için (bkz: determinizm)