532'deki nika ayaklanmasında yanan 2. ayasofya'nın yerine 1. justinianos'un talimatıyla tekrar inşa edilmiştir ve 5 yılda tamamlanmasıyla dünyanın en hızlı inşa edilmiş bazilikası unvanını taşır.
6. 9. 10. 11. ve 12. yüzyıldan kalma eşsiz mozaiklere sahiptir. osmanlı devleti/imparatorluğu zamanında cami olarak kullanılmasıyla 8 adet büyük hat levhalar yerleştirilmiştir. günümüzde müze olarak sergilenmektedir.
bir bölümünün yıkılma riski vardır, ki cumhuriyetin ilk yıllarında yapılan onarımların izi 2. katında deisis sahnesinin karşındaki deliklerden de görülebilmektedir, hatta yine oradaki bir sütünu bir miktar eğik şekilde durmaktadır. umarım son yıllarını yüzyıllardır sürdürdüğü ihtişamına layık bir şekilde geçirir.
