TEMA atıkların bertarafının nasıl yapılacağının raporda belirtilmediğini ve nükleer santral projesinin Türkiye mevzuatındaki sınanmışlık ilkesine uymadığını vurgulamış, Ekoloji kolektifi atıkların Rusya tarafından alınmayacak oluşunun maliyeti yükselteceğini ve maliyat analizinin yeniden gözden geçirilmesi gerektiğine dikkat çekmiş, greenpeace ise acil durum ile olası kaza hallerindeki senaryoların detaylandırılmadığını belirtmiştir.
Ancak tüm itiraz ve eksikliklere rağmen, Akkuyu nükleer güç santralına ilişkin nihai çevresel etki değerlendirme raporu, çevre ve şehircilik bakanlığı tarafından onaylanmıştır.