2.dünya savaşında daha 16 yaşındayken 1941 yılında boşnaklar arasında faaliyet gösteren ''genç müslümanlar'' örgütüne üye oldu.bu örgüt büyük islam devleti ideali etrafında birleşen islamcılardan oluşuyordu.izzetbegoviç'in mensubu olduğu ''hançer örgütü'' nazilerin 13.SS tümeni olarak biliniyordu. sadece anti-komünist değil antisemitist ve ırkçı bir çizgiyi benimsediler.işbirlikçi hırvat ustaşeleri ile birlikte müslüman boşnaklar nazi işgaline direnen Tito liderliğindeki partizan direnişini destekleyen özellikle sırp halkına ve yugoslavya yahudilerine yönelik katliamlara giriştiler.2.dünya savaşı sonrası işbirlikçilik ile suçlanan izzetbegoviç üstünkörü soruşturmalar sonucu 3 yıl hapis cezası ile atlattı.
