istiklal Mahkemeleri ve uygulamaları hakkında birçok abartı ve gerçekdışı iddialar ortaya atılmaktadır; mezarından çıkarılıp tekrar idam edilenler, sırf şapka giymediği için idam edilenler vb. Gerçekte bu uygulamanın nasıl işlediğini ve sonuçlarını görelim.
istiklal Mahkemeleri, Milli Mücadele döneminde iki ayrı evrede hizmet görmüşlerdir:
1. 11 Eylül 1920 - 17 Şubat 1921 (8 mahkeme)
2. 30 Temmuz 1921 - Ekim 1923 (5 mahkeme)
Bu iki dönemde verilen toplam idam kararı 3.811'dir; bunun 2.827'si ertelenmiş, 1.054 idam kararı ise uygulanmıştır. istiklal Mahkemeleri konusunda önemli biri olan Ergün Aybars, uygulanmış idamları 1.450-1.500 arası tahmin ediyor. idam edilenler; ısrarlı asker kaçakları, asiler, hainler, casuslar, bozguncular, katiller, ırz düşmanları, soyguncular, hırsızlar, halka eziyet eden görevliler, işgalcilerle işbirliği yapan Rum ve Ermenilerdir.
Cumhuriyet döneminde ise 1923-1927 yılları arasında sadece 3 istiklal Mahkemesi kurulur ve 1927'den sonra tarihe intikal eder:
1. istanbul istiklal Mahkemesi (8 Aralık 1923- 5 Şubat 1924): Hiçbir idam kararı yoktur.
2. isyan bölgesi istiklal Mahkemesi (7 Mart 1925- 7 Mart 1927): 5.010 kişi yargılanmış, yarıdan fazlası beraat etmiştir. idamlar 350 dolayındadır.
3. Ankara istiklal Mahkemesi (7 Mart 1925- 7 Mart 1927): 2.436 kişi yargılandı, 1.343 kişi beraat etti, 226 idam kararı verildi ve infaz edildi.
ikinci dönemde verilen idam kararlarının toplam sayısı 576'dır.
istiklal Mahkemelerinin 1920-1927 yılları arasındaki toplam idam sayısı kararı 1.054+576=1.630'dur. Ergün Aybars'ın 1450-1500 sayısını kabul edersek de 1.500+576=2.076'dır. Yani onbinler, yüzbinler veya istiklal Savaşındaki şehit sayısından fazla gibi iddiaların hepsi asılsızdır.
istiklal Mahkemelerinin idam ettiği kişilerden biri de iskilipli Atıf Hoca'dır. Atıf Hoca'nın idam sebebi şapka giymediğinden dolayı değil, "şapka olayını vesile ve istismar ederek halkı isyana kışkırtmak ve isyana katılmak" suçundandır. Aynı nedenle idam edilen kişilerin sayısı ise toplam 27'dir ve toplam sayıya dahildir. Zaten 671 sayılı 'Şapka iksası Hakkında Kanun'da da, başka kanunlarda da, böyle bir yaptırım bulunmuyor. Şapka giymek memurlar için zorunlu tutulmuş, halk şapka giymeye zorlanmamıştır.
Yine Emine Şenlikoğlu'nun "Bize Nasıl Kıydınız" adlı romanından aynı adla çevrilen filmdeki iddiaya göre Erzincan'da Mevlevi Şeyhi ibrahim Hakkı Efendinin sakalı zorla kesiliyor, Kuran'ı toprağa gömülüyor ve eceliyle ölüyor. Ama devrimlere karşı olduğu iddiası ile Erzincan istiklal Mahkemesince idama mahkum edilen efendinin cesedi, savcının emriyle mezardan çıkartılıp asılıyor. Bu olaylar, filmde ibrahim Hakkı Efendinin kızının anıları olarak aktarılmaktadır.
ilk olarak Erzincan istiklal Mahkemesi diye bir mahkeme hiçbir zaman olmamıştır. 31 Ekim 1994 gecesi Reha Muhtar'ın hazırladığı Ateş Hattı programında konuşan ibrahim Hakkı Efendinin kızları ve torunları böyle birşey olmadığını, babalarının Atatürkçü ve milliyetçi insanlar olduğunu ve her zaman hükümet tarafından saygı gördüğünü, dini hiçbir baskının olmadığını ve filmde iddia edilen olayların hepsinin gerçekdışı olduğunu söylemişlerdir.
istiklal Mahkemelerinin yargılama sürecinde ise hiçbir zaman sanığın ifadesini dinlememe gibi bir olay olmamıştır. Her zaman sorgulama yapılmış, birçok kez şahitler dinlenmiş, hatta sanığın isteği üzerine M.Kemal ve diğer komutanların sözlü veya yazılı ifadesi bile alınmıştır. Mahkemelerin sorgulama biçimmleri ve verilen kararlar ile ilgili örnekler Feridun Kandemir'in "istiklal Savaşında Bozguncular ve Casuslar" adlı kitabında bulunmaktadır. istiklal Mahkemeleriyle ilgili en ayrıntılı ve bilimsel çalışma da Ergün Aybars'ın "istiklal Mahkemeleri" adlı eseridir