Eserlerinin çoğunun hikâyesi vardır. Örneğin 45 numaralı senfonisi, Veda Senfonisi olarak bilinir. Eserin dördüncü bölümünde 2 ya da 3 müzisyen kendi bölümlerini bitirir ve müzik halâ devam ederken sahneyi terk eder; bu, sahnede şef ve tek bir kemancı kalana kadar sürer. Bu senfonide Haydn ve müzisyen arkadaşlarının kış mevsiminde şehirdeki ailelerinin yanına dönmek istediklerini Prens Esterházye anlatmak istedikleri hikâye edilir. Prens mesajı almış ve onlara izin vermiştir. Sürpriz Senfonisi denilen 94 numaralı senfonisini ise akşam yemeği sonrasındaki konserlerde dinleyicilerinin çoğunun uyuduğunu anladığında bestelediği söylenir. Haydnın çoğu senfonisi gibi canlı birinci bölümle başlayıp; yumuşak, yavaş tempolu ikinci bölümle devam eden senfoni, dinleyicilerin uykuya daldığı sırada davullar ve çok yüksek sesli telli çalgıların melodisi ile onları uyandırır. "Kafka ile Konuşmalar" kitabında Franz Kafka, Haydn'ın beste yapmadan önce özel hazırlanmış pudralı bir peruk taktığından söz etmektedir.
