Mehmed Çelebi Anadolu ve Rumeli'de ki birliği sağladıktan sonra iki önemli isyanla uğraşmak zorunda kaldı. Bunlardan birisi Şeyh Bedrettin isyanıdır. Edirne civarındaki Simavna'da doğan Şeyh Bedrettin Bursa, Konya, Kahire gibi devrin en büyük ilim ve kültür merkezlerinde eğitim gördü. Şeyh Bedrettin; Torlak Kemal ve Börklüce Mustafa gibi yakın arkadaşlarıyla birlikte iznik'te kurdukları, islam dinine aykırı fikirlere sahip bir tarikatla, Anadolu ve Rumeli'de fikirlerini yaymaya başladılar. Bir süre sonra Eflak üzerinden Deliosman'a gelen Şeyh Bedrettin ve yandaşları ayaklandılar. Börklüce Mustafa izmir'de, Torlak Kemal de Manisa'da ayaklanmaya katıldılar. Mehmed Çelebi, izmir ve Manisa üzerine kuvvet göndererek ayaklanmayı bastırdı. Yakalanan Şeyh Bedrettin, Serez Kadısı tarafından yargılanarak idam edildi (1420).
