2007 yılında 24 televizyonunda Geçmiş Zaman Olur ki adlı haftalık bir tarih programına katılmaktaydı. Habertürk televizyonunda Murat Bardakçı ile birlikte Tarihin Arka Odası adlı bir tarih programı yaptı. Ayrıca Habertürk Tarih dergisinde de pazar günleri yazdı. 2011 yılında Show TV'de yayınlanan Muhteşem Yüzyıl adlı dizinin ilk sezonunda tarih danışmanlığını yapan Afyoncu, dizinin ikinci sezonunda tarih danışmanlığını bıraktı. 11 Nisan 2012 tarihinde Cumhurbaşkanı Abdullah Gül tarafından, Atatürk Kültür, Dil ve Tarih Yüksek Kurumu Yönetim Kurulu üyeliğine getirildi.
