bazen şaşırıp kendi vücut elemanlarına , hatta kendi kanına dahi tepki verebilen , antikor üretebilen sistemdir.
kendi vücut elemanlarına verdiği tepkiler 'otoimmun hastalıklar' başlığı altında incelenir.
ayrıca organ nakli sırasında en çok proplem çıkaran sistemdir. organ vücuda uyum sağlasa dahi bağışıklık sisteminin bir süre baskılanması gerekmektedir.
ayrıca kortizon ve benzeri ilaçlar bağışıklık sistemini baskılamaktadır. *
