Güneydoğu Anadolunun kuzeyinde yer alan hanefi ve Alevi Türkmenlerin yaşadığı bölge esas olarak Akkoyunlular döneminde de varlıklarını sürdürmüşlerdir. Akkoyunluların en büyük müttefiki hanefi Çemişkezek beyleridir. bunların kökeni Celalettin Harzemşahın Harzem Türklerinin yani Kantlı ve Kıpçaklara dayanmaktadır. Yavuz Selim döneminde Osmanlı devleti bu bölgeyi tümüyle Şafileştirmemiştir. Tümüyle Şafileştirdiği bölgeler ticaret kervanlarının geçtiği iskenderun, Diyarbakır, Musul bölgeleridir. Oysa Güneydoğu içinde Doğu Anadoluda dağlık bölgelerde kalan stratejik önemi olmayan bu bölgede Saltukoğullarının , Artukoğullarının ve bunların üzerine gelen Harzemlilerin'in oluşturduğu kapalı bir etnik yapı söz konusudur. Bu etnik yapının ticari yol üzerinde kalan Elazığ-Palu bölgesi Yavuz tarafından Şafileştirilirken, kuzeydeki Çemişkezek bölgesinde osmanlı devletine soğuk bakan hanefi türkmen beyler tümüyle Yavuz Selim tarafından öldürülerek kendine bağlı yeni bir sistem oluşturulmuştur.