Bu arada Arsenal Gear hareket etmeye başladı ve Manhattan'ı yıka yıka ilerledi. Solidus ve Raiden bir binanın çatısında karşı karşıya geldiler. Solidus, amacının Patriots'ı ortadan kaldırmak, özgürlük ve sivil hakları geri getirmek olduğunu söyledi. Böylelikle özgürlüğün çocukları olacaklardı. Codec'den Campbell'ı taklit eden yapay zekâ aradı. Kendisini tanıttı, insan olmadığını, formsuz olduğunu, iki yüz yıldır kademe kademe oluşturulan bir bilinç olduğunu söyledi. Ona göre Patriots, Amerikalıların disiplin ve erdemiydi, bu yüzden devletler yaşadıkça onlar da yaşayacaktı. Şimdi Raiden Solidus'u öldürmeliydi, yoksa Olga'nın çocuğunu kurtarma sözünü tutamayacaktı. Solidus gerektiği gibi öldürüldü. Sonuçta ne kadar kabul etmek istemese de Raiden da birilerinin silahı olmuştu ve silahların düşünebilme hakkı yoktu.
En azından Raiden yaşadıkça Olga'nın çocuğuna zarar gelmeyecekti ve zamanı gelince onu kurtaracaktı. Liquid Ocelot'un kullandığı Ray'e izleme cihazı yerleştiren Solid Snake cebinden virüs diskini çıkarttı ve Otacon'a analiz ettirdi. Sonuçta virüs "neyi" sileceğini biliyordu ve komitenin adına bu şekilde ulaşılabilirdi. Otacon analiz sonucunda bu on iki kişinin kimlik bilgilerine ulaştı. Ama küçük bir sorun vardı; hepsi yüz yıl önce ölmüştü...
Karakterler:
RAIDEN (JACK)
Jack, ailesini öldüren Solidus tarafından büyütüldü ve daha on yaşında Liberya savaşındaki en iyi çocuk asker oldu. Delta Force ve Force 21'de de görev yapan Raiden, en son FoxHound'a geçmişti. Şimdiki görevi Big Shell'i ele geçiren teröristleri durdurmak idi.
IROQUOIS PLISKIN (SOLID SNAKE, DAVID)
Philantropy üyesi Solid Snake, Asteğmen Iroquois Pliskin olarak katıldığı operasyonda Metal Gear mücadelesini sürdürüyor. Artık hükümetlerin kuklası olmak istemediğinden kimseden emir almıyor. Öldüğü, hatta teröristlerin lideri olduğu bile söyleniyor. (Iroquois = çıngıraklı yılan)
OTACON (HAL EMMERICH)
Snake'in yakın dostu ve bu görevdeki teknik desteği. Üvey kardeşi Emma Emmerich'in de Big Shell'de olduğunu öğreniyor. Küçükken Emma'nın annesi kendisini baştan çıkartır. Bunu öğrenen babası ise yüzme havuzlarında intihar etmeye çalışır ama Emma'yı yanlışlıkla suya çeker. Otacon yardım çağrılarını duymadığı için Emma o günden beridir Otacon'u suçlamaktadır.
EMMA EMMERICH (E.E.)
On yıldır görüşmediği üvey abisi Otacon'a acı çektirmek için ailelerinin kara geçmişlerini önemsemeden Arsenal Gear'ın yapay zekâlarını programlayan Emma, sudan korkmaktadır.
ROSEMARY
Rose bir görev analizcisi ve Raiden'ın kız arkadaşıdır.
ALBAY ROY CAMPBELL
Zanzibar ve Shadow Moses olaylarında Solid Snake'I yöneten Albay çoktan emekli olmuştur. Acil bir durumdan dolayı yeniden operasyon başına getirilmiş olabilir.
BiNBAŞI SCOTT DOLPH
Deniz Kolordu Komutanının tek isteği dünyayı bulduğundan daha iyi bırakmaktır. Umutlarını Metal Gear Ray'e bağlamıştır ve ona göre bu makine ile dünya barışı sağlanacaktır. Gurlukovich ile beraber Ocelot tarafından öldürülmüştür.
ALBAY SERGEI GURLUKOVICH
Revolver Ocelot'a tanker olayında yardım eden bir Rus askeri birliğinin komutanıdır. Shadow Moses'da da teröristlere malzeme sağlamıştır. Soğuk savaş zamanında GRU ajanı iken Revolver Ocelot ile tanışmıştır. Darbe sonrası askerleri ülkesiz kalmıştır. Amacı Büyük Rusya'yı yeniden kurmaktır.
REVOLVER OCELOT (SHALASHASKA, GENERAL IVAN)
Taşındığı tanker'den Metal Gear RAY'I çalan Revolver, The Patriots'un en güvenilir adamıdır ve onun haricinde beraber çalıştığı herkese ihanet etmesi ile ünlüdür. Shadow Moses'da kolu kesilen Ocelot'a dünyanın en iyi cerrahları tarafından Liquid Snake'in kolu takılmıştır, ancak kol bir şekilde Ocelot'un vücudunu esir almaya başlamıştır.
OLGA GURLUKOVICH
Albay Sergei Gurlukovich'in kızıdır ve ordu onun tek ailesidir. iyi silah ve bıçak kullanır. Tanker olayından hemen sonra doğan çocuğu The Patriots tarafından kaçırılmıştır.
PETER STILLMAN
iyi bir patlayıcı uzmanıdır. Bir ailesi olmayan Stillman, beş yıl önce bir kiliseye yerleştirilen bombayı imha edemeyince birçok çocuğun ölmesine sebep olduğundan dolayı işi bırakır ve o zamandan beridir acındırmak için bacağı tutmuyormuş gibi davranır. Öğrencisi Fatman, Big Shell'i bombalamak isteyince göreve çağırılmıştır.
ALBAY RICHARD AMES
Philantropy'nin kurucusu ve Shadow Moses'da Snake'in yardımcısı olan Nastasha Romanenko'nun eski kocasıdır. Bir gizli servis ajanı ve Patriots görevlisidir. Dr.Naomi Campbell'a Snake'e FoxDIE enjekte etmesi emrini veren, Savunma Bakanı'nı tutuklatan ve Nastasha'ya FoxDIE ile ilgili bilgileri içeren diski veren de kendisidir. Şimdi Big Shell'de rehinedir.
BAŞKAN JAMES JOHNSON
Amerika'nın 44. Başkanıdır ve önceki başkan George Sears (Solidus Snake) zamanında başkan yardımcılığı yapmıştır. Önceleri Patriots'u yok etmek için Solidus'a yardım etmiş, fakat sonradan çıkacak kaosu düşünüp pişmanlık duymuştur.
FORTUNE (LADY LUCK, QUEEN, HELENA DOLPH JACKSON)
Ocelot tarafından öldürülen Scott Dolph'un kızı, öldürülen Dead Cell Komutanı Albay Reginald Jackson'ın eski karısı ve şimdiki Dead Cell lideri. Annesi de intihar ettikten sonra çok mutsuz olmuştu ama inanılmaz şansı sayesinde bir türlü öldürülemiyor; acılarından kurtarılamıyordu.
VAMP
Romanyalı ve biseksüel olan Vamp, Scott Dolph'un sevgilisiydi. Çocukken bir bombalamadan dolayı ailesini kaybetti ve hayatta kalabilmek için iki gün boyunca onların kanlarını içti. insanüstü yeteneklere sahip ve o da bir türlü ölmüyor.
FATMAN
Daha on yaşında atom bombası yapan ve adını Nagasaki'ye atılan atom bombasından alan Fatman, en büyük bombacı olarak tarihe geçmek isteyen bir çılgındır. Bildiği tekniklerin çoğunu Peter Stillman'dan öğrenmiştir.
SOLIDUS SNAKE (GEORGE SEARS)
Les Enfants Terribles projesi kapsamında 1972'de Solid ve Liquid ile beraber doğan Solidus Snake, Shadow Moses olayındaki Amerikan Başkanı ve şimdi de teröristlerin lideridir. Kardeşlerine oranla hücre bozulmasından dolayı çok daha hızlı yaşlanmakta ve bir gözünün de kapalı olmasından dolayı Big Boss'u andırmaktadır. 80'li yıllardaki Liberya savaşında Raiden da dahil birçok çocuk asker yetiştirmiştir. The Patriots'ı ortadan kaldırmak için elinden gelen her şeyi yapmaya hazırdır.
