Öncelikle bu yazı için LEVEL Dergisine ve MegaEmin e teşekkürü bir borç biliriz.
Bölüm 2
--çok feci spoiler--
Ames, Başkan'a dokunamayacaklarını, çünkü saat başı yaşam sinyallerinin kontrol edildiğini ve bir sorun çıkarsa nükleer saldırının gerçekleşmeyeceğini anlattı. Bir Patriots ajanı olan Ames'e göre tankerin geçişi, batırılacağı yer ve üzerine kurulan tesislerin hepsi önceden planlanmıştı ve asıl amaç yeni bir Metal Gear modelinin tasarlanmasıydı. Hükümet görevlilerinin geliş sebebi ise tamamlanan Metal Gear'ı görmekti. Başkan kendi rızasıyla şifreyi vermişti ve teröristlerle işbirliği içindeydi. Ames'e göre başkanın ihanetinin sebebi kukla olmaktan sıkılmasıydı. Nükleer bomba da bir tehdit değil, baştan beri bir amaç idi. Teröristlerin amacı "Compton Effect" i yaratmak için bombayı atmosferin dışında patlatmak ve 50 milyar megawatt'lık elektromanyetik darbe ile tüm elektronik cihazların çalışmasını durdurmaktı. Böylece The Patriots'un kontrol ettiği bilgi akışı durdurulacak ve özgür bir dünya yaratılacaktı. Teröristler bu yüzden kendilerine "Sons Of Liberty" demekteydiler.
Özgürlüğün Çocukları
Shalashaska, Raiden'ı yakaladı ve Ames ani bir kalp krizinden öldü. Fakat ninja ortaya çıkıp Raiden'ı kurtardı. Pliskin gerçek kimliğini açıkladı ve Raiden'a Otacon'u tanıttı. Solid Snake v kaçış için bir Kasatka ele geçirmişti ama ortadan kaybolan bir Harrier uçağı onu endişelendiriyordu. Campbell, Ames'in söyledikleri konusunda yorum yapmazken Solid Snake'in l dünyada birçok Metal Gear'a zarar veren ve tankeri batıran bir suçlu olduğunu söyledi. Campbell'ın tavırları tuhaftı. Solid Snake, üçüncü kardeşi ve teröristlerin lideri olan Solidus ile karşılaştı ve el bombası atarak onun köprüden aşağıya düşmesini sağladı. Solidus, Vamp'ın kullandığı Harrier'in üzerine düştü ve kokpite girdi. Bu kez de Raiden Stinger füzesi ile Harrier'ı vurdu ve denize düşen jeti bir Metal Gear Ray yakalayıp gözden kayboldu.
Raiden, Başkan'a ulaştı ve kendisinden, önce Patriots'dan kurtulmak için Solidus ile işbirliği yapıp şifreyi verdiğini, ama sonra ülkede çıkacak kaosu düşünüp pişman olduğunu öğrendi. Johnson, kendisinden önce başkan olan George Sears'ın (Solidus) Shadow Moses olayındaki menfi hareketleri nedeni ile görevinden alındığını ve bu yüzden dünyanın yanmasına bile mal olsa Patriots ile savaşmak istediğini söyledi. Daha önemlisi bahsedilen gerçek Metal Gear, Raiden'ın gördüğü Ray değil, Big Shell'in üzerine bir kamuflaj olarak inşa edildiği, okyanusun zeminindeki dev Metal Gear Arsenal idi. içerisinde bin nükleer füze ve seri üretilmiş yirmi beş adet Ray'in bulunduğu Arsenal Gear, orduların taktiksel ağlarına direk erişebiliyor ve bu sayede ülkelerin silahlı kuvvetlerinin kontrol edilmesine imkân sağlıyordu. Patriots'un sürekli büyüyen bilgi akışını kontrol etmekte yeterli kalmaması nedeniyle inşa edilen Arsenal'in en küçük bilgileri bile filtreleyebilen iki süper yapay zekâ ünitesi vardı: GW ve JFK. Bu makine sayesinde doğrular Patriots'un istediği gibi şekillendirilebilecekti. Başkan'ın amacı bu yapay zekalara el koyarak pazarlıkla Patriots'dan birisi olmak idi. Solidus ise Arsenal'i kullanarak Compton Effect'i yaratmak ve Patriots'un kontrolünü bitirmek istiyordu. Patlama için kodlar da girildiğine göre bunu engellemenin tek yolu Başkan'ın yaşam sinyallerinin durmasıydı. Bu sırada Revolver Ocelot geldi ve Başkan'ı öldürdü, fakat nükleer bomba pasif konuma geçmemişti. Artık tek yapılması gereken, programcısı Emma Emmerich'e ulaşmak ve GW ile JFK'i kapattırmaktı. Raiden, başkanın ölmeden önce verdiği bir virüs diskini de yanına alarak Otacon'un üvey kardeşi Emma'nın yanına gitti.
Emma, GW'nin Patriots'a tarihi yazma ve geleceğe karar verme yeteneği sunan bir araç olduğunu anlattı. Bilgisayarlardaki 2000 yılı sorununun giderilmesi için hükümetler dahil her yere ücretsiz dağıtılan yamanın içinde GW'nin bağlantı kurmasını sağlayacak programcıklar olduğunu, hatta bu programcığın en popüler işletim sistemlerine bile entegre edildiğini anlattı. Arsenal çalışmaya başladığında ise bütün bu programlar aktif hale gelecek ve ona hizmet edeceklerdi. Raiden bilgisayar laboratuarında virüsü Arsenal'in beynine yükledi, bu arada zaten kötü durumda olan Emma kan kaybından öldü. Üzgün Otacon rehineleri helikopter ile güvenli bir bölgeye taşırken, Raiden önünü kesen Ninja tarafından bayıltıldı. Gözünü açtığında Arsenal Gear'ın içindeydi ve işkence için bir masaya bağlanmıştı. Solidus geldi ve Raiden'a sürekli kaçtığı geçmişini hatırlattı. Aslında Raiden Solidus'un bildiği her şeyi öğrettiği manevi oğlu ve 80'li yıllardaki Liberya Savaşı'nın en başarılı çocuk askeriydi. Hatta kendisine "Karındeşen Jack" ve "Beyaz Şeytan" isimleri bile takılmıştı. Raiden bağlı olduğu masadan kurtulmayı başardı ve yine ninja ile karşılaştı. Ninja, Olga'nın ta kendisiydi ve Patriots yeni doğan çocuğunu kaçırdığı için askerlerine ihanet etmek zorunda kalmıştı. Görevi ise Raiden'a Solidus'u öldürmesi yolunda yardım etmekti. Raiden'ın elbisesi bir şekilde Patriots'a yaşam sinyalleri göndermekteydi ve bu sinyaller durursa Olga'nın bebeği de öldürülecekti. Snake ve Olga, Raiden'dan Arsenal'e girmek adına onu yem olarak kullandıkları için özür dilediler.
Teker teker gelin
Arayan Campbell iyice tuhaf davranmaya başlamıştı ve Solidus'un öldürülmesini emretti. Biraz soru sorulunca ise sesi değişti ve "emri uygula, Rose elimizde" diyerek bağlantıyı kesti. Otacon bağlantı sahibinin Roy Campbell değil, başından beridir GW olduğunu ortaya çıkarttı. GW, virüsten de etkilendikçe iyice saçmalamaya başlamıştı. Bu arada babasını öldürmekle suçladığı Snake'i gören Fortune onunla savaşmaya başladı. Raiden ise büyük bir bölmede üzerine üçer üçer gelen Metal Gear Ray'ler ile uğraşmaktaydı. Raiden bir yerden sonra pes etti, fakat o anda ortaya çıkan Ninja kendisine yardım etti. Solidus ninja'yı öldürdü. Virüs giderek yapay zekayı bozduğundan dolayı bir anda Ray'ler de saldırmayı bıraktılar. Solidus, Raiden'ı, Fortune ise Snake'i yakalamıştı. Solidus, amacının hiçbir zaman Arsenal Gear'ı ele geçirmek olmadığını, aslında Wisemen Komitesi'ndeki on iki kişinin kimliklerini öğrenip onları öldürmek istediğini açıkladı.
Muhabbete Ocelot da katıldı ve orada bulunan herkesin "S3" planının bir kuklası olduklarını söyledi (Solid Snake Simülasyonu). Plana göre Raiden, Patriots'un Solid Snake'i emekli etmek için yetiştirdiği bir katildi. Daha önce de Big Boss ve Solid Snake gibi kahramanların yaratıldığı bu plana göre kimin seçildiği çok önemli değildi. Doğru şartlar yaratıldığı takdirde bir çaylak bile kahraman olabilirdi ve S3 planına göre Big Shell, Shadow Moses'ın mükemmel bir yeniden canlandırılması idi. Bilgisayar virüsü FoxDIE'ın dijital versiyonuydu, Ocelot Olga'nın Cyborg Ninja olmasını ayarlamıştı. Fortune ve diğer Dead Cell üyeleri ise Shadow Moses'daki FoxHound üyelerinin yerine bulunabilecek en uygun ucubelerdi. Genome Ordusu yerine de Olga'nın askerleri kullanıldı. Raiden'ın seçilmesinin sebebi ise onun Solidus ile olan ilişkisinin, Solid Snake - Big Boss ilişkisine çok benzemesiydi. Yapay zeka ile de Roy Campbell'ı bu simülasyona dahil etmiş olduk. Bilgisayar virüsü GW'deki Patriots bilgilerini sildiği için Solidus'un planı da daha başından etkisiz kılınmıştı bile. Fortune'un kocasının öldürülmesinden ve Dead Cell'in dağıtılmasından dolayı Patriots'ı sorumlu tutması ve hırs dolup bu işe karışması da sağlanmıştı. Aslında ne Solidus, ne de Fortune oldukları yere kendi çabaları ile gelmemişlerdi. Fatman'i ise Raiden'ı test etmesi için tutmuşlardı. Raiden başaramasaydı, test orada iptal edilecekti. Ayarlanmamış tek şey ise Solid Snake'in burnunu sokması olmuştu.
Duydukları karşısında herkes şoke olmuştu. Çılgına dönen Fortune silahını hazırlarken Revolver Ocelot onu göğsünden vurdu ve şimdiye kadar ona mermi isabet etmemesinin sebebinin Patriots tarafından geliştirilen ve ona yerleştirilen gizli bir elektromanyetik silah teknolojisi olduğunu söyledi. Ocelot da kemerindeki GIZMO adındaki aleti çalıştırarak kendisine bir koruma alanı oluşturdu ve Ray'in kokpitine girdi. Test başarı ile sonuçlandığına göre Arsenal'ı geri alabilir ve yaratılan dağınıklığı temizleyebilirdi. O sırada Liquid'in kolu Ocelot'u yine ele geçirdi. Otacon'a bilgi notunu gönderen kişinin Liquid olduğu anlaşıldı ve Liquid, Patriots'un nerede olduğunu bilen Ocelot'un vücudu ile beraber onları ortadan kaldırmaya gitti; Solid Snake de Ray'in peşine takıldı.