1959 yılında yeşil-siyah renklerle kurulmuştur. 1984-85 sezonunda yeni kurulan 3.lige, şehrin diğer takımları Keşan Gençlikspor ve Aydoğanspor'la birleşerek ilk kez katıldı. Renklerinide sarı-siyah olarak değiştirdi. Aralıklı olarak 3.ligde mücadele etti. 1992-93 yılında amatör kümeye düşen Keşanspor, hemen bir yıl sonra şampiyon olarak yeniden 3.lige yükseldi. Son olarak 1997-98 sezonunda 3.lige veda eden sarı-siyahlılar, 2007-08 sezonunda da Edirne Süper Amatör Lig'inde yer alacak.
