kaptan-ı derya kılıç ali paşa, sultan 3. murat'tan camii yaptırmak için bir arsa ister. sultan da "sen kaptan-ı deryasın. git denizin üstüne camii yaptır." der. bunun üzerine çok üzülen kılıç ali paşa, mimar sinan ile anlaşır ve tophane rıhtımı'nın kıyısını taş ve molozlarla doldurarak bu camiiyi yaptırmaya başlar. anlatılana göre bu camii deniz doldurularak yapılan ilk camiidir. ayasofya'nın küçük boyuttaki bir kopyasıdır.
