Selçukluların iç karışıklıklar yaşadığı sırada batı yönünde gelişen moğol istilası yüzünden pek çok türkmen türkiye'ye sığınmıştı. türkiye'ye sığınan türkmenlerin ilk geldiği yer güney doğu anadolu ve suriye sınır boylarıydı.
bu bölgede nüfus yoğunluğunun artması ekonomik durumun bozulmasına neden oldu. ayrıca devlet idaresindeki bozulmalar ve değerli devlet adamları ile komutanların öldürülmesi halkın devlete olan güvenini sarstı. bu sırada türkmenler arasında bulunan baba ishak peygamberlik iddiası ile bazı türkmenleri etrafında toplamayı başardı.
adıyaman civarında kendine birçok taraftar bulan baba ishak, amasya'ya gelerek faaliyetlerini sürdürdü. taraftarlarını silahlandırarak kısa bir zaman sonra Kahta, adıyaman ve samsat'ta isyan başlattı. üzerine gönderilen kuvvetleri yenerek daha da güçlenen baba ishak taraftarı babailer, baba ishak'la buluşmak için tokat ve amasya'ya doğru ilerlediler. gıyaseddin keyhüsrev asiler üzerine kuvvetler gönderdi ve baba ishak'ı öldürttü. daha sonra yeniden toparlanarak konya'ya doğru ilerleyen babailer kırşehir yakınlarında selçuklu ordusu karşısında yenilerek tamamen yok edildiler (1240).
