oyunun hikayesi şöyledir, ağır spoiler uyarısı veriyor ve başlıyorum
--'spoiler'--
raul menendez latin amerikalıdır ve babası ile birlikte kokain üretimi ve ticareti yapmaktadırlar. olaylar 1984 önce belirtilmeyen bir tarihte CIA in gizli bir operasyonla menendez'in babasını öldürmesiyle başlar.
Menendez buradan sonra kızkardeşi josefina(hozefina) için yaşamaya başlar. Bunlar daha ufacık tefecikken amerikalının biri sigorta parası için bir depoyu ateşe verir. Josefina yanlışlıkla bu binanın içine girmiştir, bu yüzden yüzü yanmış, kör olmuş ve kötürüm kalmıştır. Menendez kızkardeşini kendi elleriyle depodan kurtarır. Raul, yangının olduğu gün 19 haziranı da unutmayacaktır. Bu gün ayrıca köleliğin kaldırıldığı gündür. Bu yangında josefina'nın boynunda olup eriyerek şekli bozulmuş kolyeyi menendez ömrünün sonuna kadar saklayacaktır. Hatta örgütün infaz şekli olan, önce dizlerden silahla vurma ardından boynunu kesme işini menendez bu kolyenin keskin ucuyla yapmaktadır.
Zaten kardeşi bir amerikalının sigortadan alacağı üç beş kuruş için kör ve kötürüm olmuştur, hem de CIA babasını öldürmüştür, menendez kartelin başına geçer ve intikamını amerikaya daha fazla kokain satarak almaya çalışır. Bu yüzden CIA bu herifin üzerine daha çok gider.
Bir gün black ops 1 den de tanıdığımız frank woods bu adamın üzerine gönderilir ve müfrezesiyle birlikte esir alınır. Menendez CIAin hedefini öğrenmek için woods'un adamlarına teker teker işkence eder ancak başarılı olamaz. Onu adamlarının ölüleriyle birlikte bir konteynerda çürümeye terkeder.
Burada sahneye kahramanımız aynı zamanda woods'un kankası alex mason girer. Mason, oyunun gelecek devresinde anti terör birliğine başkomutanlık edecek küçük yaştaki oğlunu david mason'ı birine emanet eder ve CIA ile birlikte angola'ya, woods'u kurtarmaya gider. Burada angola hükümeti yanlısı ordu komutanı savimbi'den yardım istemek için gizlice bir radyo istasyonuna girer mason ve genç menendez ile karşılaşır. Daha birbirlerini tanımıyorlardır ama menendez kafasına dayanan kurtulmaya çalışınca mason ateş eder. Menendezin sağ gözünü parçalar ama öldüremez. Woods'u savimbinin yardımıyla kurtarırlar ancak woods-menendez arası kişisel olan mesele woods,mason-menendez arası kişisel olmuştur.
Asıl hikaye tam olarak burada başlar.
--'spoiler'--
