Engizisyon Portekiz e ispanya'dan gitti. 1531'de kısa bir süre için uygulandıktan sonra 1536'da sürekli bir kuruluş durumuna geldi. Portekiz engizisyonu ispanya dakinden daha yumuşaktı. Pombal devrinde etkisi azaldı; Joao IV devrinde de ortadan kalktı.
